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Un área lacustre y terrenos pantanosos formados por sedimentación aluvial integran este refugio de vida silvestre, que ha sido incorporado a la lista de humedales de importancia internacional de Ramsar. El lago estacional de Caño Negro, de unos 800 ha de superficie y de unos 3 m de profundidad, es área de rebalse del río Frío; durante la estación seca, entre febrero y mayo, el lago llega a desaparecer caso por completo.
En este refugio existen cinco hábitatas principales. La vegetación en los bordes de la laguna y a lo largo de los caños es principalmente herbácea, como el pasto gamalote (Paspalum fasciculatum) y la dormilona (Mimos pigra); se encuentran además varias especies de árboles pequeños como el jelinjoche (Juncus aquatica) y el sotocaballo (Zygia longifolia). Hacia la periferia de la laguna abundan los juncos (Juncus spp.).
El bosque primario inundado se localiza en sitios que se anegan permanentemente o caso permanentemente; estos bosques presentan una gran variedad de especies de arbóreas como el mayo (Vochysia guatemalensis) y el tamarindo (Dialium guianense). Los bosques de camíbar se encuentran también en áreas inundadas, pero su riqueza en especies es menor; predominan el camíbar (Copaifera aromatica) y la caobilla (Carapa guianensis). Los marillales son áreas con vegetación muy homogénea formados principalmente por el María (Calophyllum brasilense) y la palma real (Attalea butyracea). en los yolillales domina principalmente la palma yolillo (Raphia taedigera).
La avifauna es rica y diversa; algunos de las aves acuáticas más abundantes o sobresalientes son el pato aguja (Anhing anhinga), la espátula rosada (Ajaia ajaja). el ibis blanco (Eudocimus albus), el gallito de agua (Jacana spinosa), el cigüeñón (Mycteria americana), el piche (Dendrocygna autumnalis) y el galán sin ventura (Jabiru mycteria) .La colonia de patos chancho (Phalacrocorax brasilianus) que aquí nidifica es la más grande del país.
En el refugio se encuentra la única población permanente del país de clarinero nicaragüense (Quiscalus nicaraguensis), ave endémica de la cuenca del lago de Nicaragua. Entre los mamíferos y reptiles que habitan el ára se encuentran el puma (Puma concolor), el jaguar (panthera onca), el manigordo (Leopardus pardalis), la danta (Tapirus bairdii) y el caimán (Caiman crocodylus), especie muy abundante en los caños.
Caño Negro se localiza en la llanura de los Guatusos, cerca de la frontera con Nicaragua. Cuenta con un centro de investigaciones ecológicas en humedales, que posee laboratorios, un área de incubación, un area de rescate y habitaciones. Se puede llegar por la ruta San José - Ciudad Quesada - Los Chiles - Canño Negro (201 km). Existen servicios de autobuses San José - Caño Negro y Los Chiles Caño Negro. En Caño Negro se pueden alquiler botes para hacer recorridos por el río y la laguna, y hay cabinas y pulperías. En Los Chiles existen pensiones y mercados y se pueden alquiler taxis.
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