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Constituye una de las áreas de mayor belleza escénica del país. La costa del refugio está formada por varios puntas arrecifales emergidas, entre las que se desarrollan playas de arenas blancuzcas, de suave pendiente y poco oleaje debido a la escasa profundidad litoral, bordeadas por infinidad de cocoteros y arrecifes coralinos que se extienden hasta 200m mar adentro.
Los arrecifes al frente de las puntas Uva, Manzanillo y Mona están formados básicamente por corales de los géneros Diploria, Siderastrea, Agaricia, Acropora y Porites. En ellos son comunes las langostas (Panulirus argus), los abanicos de mar (gorgona ventalina) y los pepinos de mar (Holothuria sp.). Una planta bastante abundante por toda el área es el pasto de tortuga (Thalassia testudinum), que forma extensas praderas a poca profundidad.
Una buena parte del refugio, que es llana o formada por pequeñas colinas, está tapizada por bosques, mientras que el resto está cubierto por pastizales y cultivos. En estos bosques la especie dominante es el cativo (Prioria copaifera), y en el sotobosque y las áreas abiertas abundan las platanillas o heliconias (Heliconia spp.). Al sur de las puntas Manzanillo y Mona existe un pantano de unas 400 ha formado básicamente por la palma yolillo (Raphia taedigera) y el árbol orey (Campnosperma panamensis). La vegetación de playa está formada básicamente por el cocotero (Cocos nucifera) y el papaturro (Coccoloba uvifera)
Al sureste del refugio se localiza el estero de Gandoca, formado principalmente por mangle rojo (Rhizophora mangle). En este lugar existe un banco de ostiones (Crassotrea rhizophorae), desova el pez sábalo (Megalops atlanticus) y se pueden observar los amenazados manatíes (Trichechus manatus).
El refugio, que posee una variada avifauna, protege diversas especies de animales que están en vías de extinción en Costa Rica, como la danta (Tapirus bairdii) y el cocodrilo (Crocodylus acutus). Recientemente, esta área fue incorporada a la Lista de Humedales de importancia internacional de Ramsar.
Gandoca-Manzanillo se encuentra en el extremo sureste del país, muy cerca de la frontera con Panamá. La administración de localiza en Ganoca, a 71 km de Limón, vía Cahuita - Puerto Viejo. El Sendero Bobócara conduce al bosque y al río Hitoy. Existen servicios de autobuses San José - Limón y Limón - Gandoca; en Puerto Viejo y Manzanillo hay pensiones, restaurantes y pulperías.
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